Bagarius je hlavním protivníkem z Aero Fighters 3/Sonic Wings 3 a posledním šéfem na etapové trase Bermudského trojúhelníku (na etapové trase Marsu budete čelit buď Guraburovi nebo Sohu Takekovi). Další vesmírná entita usilující o zničení lidstva, Bagarius se náhle objevil tři roky po porážce Lara.
Mnoho zpráv se událo po celém světě, všechny vyprávěly o velkých útocích letadel a válečných strojů, všechny se jasně podobaly těm, které byly použity za druhé světové války. Epidemie má velký rozsah, a tak Lord River N. White, velící důstojník projektu Blue, nařizuje útok v plném rozsahu proti nepřátelským silám. Ale než měli šanci udeřit, Bagariovy síly zaútočí na hangár, kde byla uložena všechna bojová letadla projektu Blue, což donutí Lorda River, aby nařídil použití starých letadel uložených v jejich podzemním zařízení. Piloti projektu Blue pak následují po stopách Bagaria, který, jak se zdá, válčí celý svět, takže to vypadá přesně jako v době druhé světové války. Bagarius, pronásledovaný piloty projektu Blue, se nakonec ukáže v Bermudském trojúhelníku, kde bojuje za pomoci velké ponorky. Bagarius je poražen a svět se vrací do původního stavu.
Boj proti Bagariovi se odehrává pod vodou, kde používá k boji fialovou ponorku. Když ponorka ztroskotá, Bagarius začne používat své síly, aby se části ponorky nerozpadly. Když už ji nedokáže udržet, začne bojovat sám. Stejně jako ostatní fináloví bossové ze série máte stanovený čas, kdy ho porazíte. Pokud se vám ho však nepodaří porazit, dostanete jen obrazovku, kde se šéf směje místo špatného konce.