V oceánografii a limnologii je bioturbace vytlačování a mísení částic sedimentu bentickou faunou (živočichy) nebo flórou (rostlinami). Prostředníky bioturbace jsou typicky žíhaní červi (např. polychaety, oligochaety), mlži (např. slávky, škeble), plži, holothuriáni nebo jiné infaunální nebo epifaunální organismy. Faunální činnosti, jako je hrabání, požívání a kálení zrn sedimentu, výstavba a údržba štol a zasypávání opuštěných obydlí, vytlačují zrna sedimentu a promíchávají matrici sedimentu. Rozhraní sedimentu a vody se v důsledku bioturbace zvětšuje, ovlivňuje chemické toky a tím i výměnu mezi sedimentem a vodním sloupcem. Některé organismy mohou dále posílit chemickou výměnu proplachováním svých nor s překrývajícími se vodami, což je proces nazývaný biozavlažování. Benthická flóra může ovlivnit sedimenty způsobem obdobným výstavbě a proplachování vytvořením kořenových struktur. Bioturbace je diagenetický proces a působí tak, že mění fyzikální strukturu, stejně jako chemický charakter sedimentu.