Po povýšení Kevina Flynna na generálního ředitele ENCOMu je vytvořena CLU 2.0 s cílem dohlížet na Grid místo něj s pomocí Trona. V jednu chvíli se z Moře simulace vynoří nová rasa programů, ISO; Flynn je považuje za další krok v lidské evoluci, ale CLU, která byla Flynnem naprogramována k vybudování „dokonalého systému“, považuje ISO za nedokonalost a kvůli jejich odlišným názorům provede státní převrat.
V následné potyčce bojuje CLU proti Tronovi, zatímco Flynn utíká. CLU 2.0 získává převahu a Trona porazí, ale místo toho, aby ho zabil, přeorganizuje ho tak, aby mu sloužil jako Rinzler. CLU 2 pak dohlíží na „Očistu“, genocidu ISO, a on dostane Síť pod svou kontrolu.
CLU 2 fyzicky připomíná mladší verzi svého tvůrce Kevina Flynna, stejně jako jeho předchůdce, původního CLU. Jeho oblečení tvoří černý přiléhavý oblek se žlutooranžovými obvody.
CLU, definovaný svou povinností, byl perfekcionista, který se snažil zastavit jakoukoliv evoluci v systému. Vzhledem k tomu, že ISO nebyly vytvořeny Flynnem, obvinil je z různých závad v systému, dokonce zašel tak daleko, že naznačil, že ISO samy jsou zodpovědné za takové věci, jako jsou Gridbugy. Dále, CLU si špatně vyložil Flynnův komentář, že „ISO mění systém tak, aby jim vyhovoval“, a vzal to tak, že poškozují kód systému.
CLU přivedl čtyři své Černé gardisty, aby přepadli Trona a Flynna, protože posledně jmenovaný se snažil opustit síť, protože lidstvo je ze své podstaty chybné a CLU byla posedlá odstraněním všech nedostatků, takže CLU plánovala vyhladit lidstvo (Flynn mohl vidět minulé nedostatky lidstva, aby v nich viděl krásu, ale CLU ne). Zatímco Tron bojoval se svými strážci, CLU jednala s Flynnem a tvrdila, že uživatel byl „zkažený“. Jeho pokus zabít Kevina však selhal, když na něj Tron zaútočil. V době, kdy CLU porazil Trona, Kevin již z místa utekl. Protože Flynn nebyl nikde k nalezení, CLU zaměřil své úsilí na zničení ISO, což byl akt genocidy, který vešel ve známost jako Očista. Pouze jeden ISO, Quorra, byl schopen přežít Očistu CLU díky oběti Anona. Když nedokonalosti zmizely, CLU věřil, že vytvořil dokonalý systém.
CLU 2.0 se objevuje v pilotní epizodě „Beckův začátek“ a dává generálu Teslerovi rozkaz předjet Argon City. Objevuje se také v „Jizvách“ po boku svého stvořitele Kevina Flynna, než se stal zlým, stále ve spolku s Tronem a Dysonem.
V roce 2010 převzal CLU úplnou kontrolu nad Gridem a zformoval digitální hranici do své vlastní interpretace dokonalosti. Cítil se však uvězněný uvnitř elektronické reality a toužil proniknout do fyzického světa, aby ho mohl také zdokonalit. K tomu potřeboval získat Flynnův identifikační disk a mít někoho, kdo otevře portál zvenčí. CLU poslala zprávu Alanu Bradleymu, aby se pokusila nalákat nového uživatele do Gridu. I když byl příchod Sama Flynna nečekaný, ukázal se jako šťastnější, což umožnilo CLU využít lásku Kevina Flynna k jeho synovi efektivněji, než by mohlo být přátelství k Bradleymu. Když byl Sam přistižen při pokusu o útěk z arény Disc Wars, byl předveden před CLU, kterého Sam zprvu považoval za svého otce. Program vyslýchal uživatele, prozkoumal jeho identifikační disk a pak odhalil jeho pravou identitu, než ho propustil.
Aby přilákala pozornost Kevina Flynna, nechala CLU Sama umístit do Sítě světelných cyklů, kde stál proti čtyřem strážným a samotnému CLU. Po brutální bitvě, která derezovala celý Samův tým, byla CLU připravena zasadit poslední ránu, když Flynnova důvěrnice Quorra pronikla do Sítě světelných cyklů ve Světelném běžci a místo toho Sama zachránila. CLU se vrátila na svou Velitelskou loď, aby vyčkala Samova nebo Kevinova dalšího kroku.
O něco později Jarvis ohlásil, že umístění Flynnova Úkrytiště bylo vystopováno podle Kevinova světelného cyklu nalezeného opuštěného ve městě. CLU úkryt osobně prošetřovala, ale zjistila, že oblast je opuštěná a vrátila se do města, aby Flynny pronásledovala. Po obdržení tipu byly vyslány jednotky CLU, aby je zajaly v klubu End of Line. Útok se nepodařilo uživatele chytit, i když se ukázalo, že se mu to podařilo, když se Kevinův identifikační disk dostal do rukou Castora, záhadného majitele klubu. CLU si vyžádal disk a se svou kořistí v ruce vyrazil k portálu, aby dokončil svůj plán.
Zatímco CLU oslovoval své shromážděné síly a vyprávěl o svém plánu napadnout Zemi a vyhladit lidstvo, hrdinové pronikli do jeho Velitelské lodi a získali Kevinův disk. Když unikli v lehkém proudovém letounu, CLU s Rinzlerem a čtyřmi Černými gardami se za nimi vydali v malých vlastních lehkých proudových letounech. Menší plavidlo bylo zmenšeno větší palebnou silou většího lehkého proudového letounu uprchlíků, nicméně jejich početní síla ho nakonec udolala. CLU by z toho vyšla vítězně, nebýt náhlé Rinzlerovy zrady. Nepodařilo se mu je sestřelit, ale nakonec se k portálu dostal jako první poté, co ukradl Rinzlerův náhradní lehký proudový obušek a nechal Rinzlera zřítit se do Moře simulace.
Když se CLU setkal s trojicí, když dorazili, zdůvodnil své jednání tím, že udělal prostě to, k čemu ho Kevin naprogramoval, a dal průchod své frustraci z toho, že byl opuštěn a donucen řídit Síť sám. Flynn argumenty CLU přijal, ale vysvětlil, že dokonalý svět neexistuje. CLU, rozzuřený tímto odhalením, zaútočil na Kevina, zatímco Sam a Quorra mířili k portálu. Když se je CLU pokusil sledovat, Flynn mu zabránil v útěku a program znovu začlenil do sebe. CLU byl derezzován, jak se dvojice znovu začlenila.
Kingdom Hearts 3D: Dream Drop Distance
CLU se objevuje ve hře Kingdom Hearts 3D: Dream Drop Distance jako padouch ve svém spícím světě „The Grid“.
Poprvé je spatřen poté, co se Rinzler vrátí na Throneship a předá svůj Identity Disc, který zobrazuje Soru i jeho Keyblade. Zdánlivě potěšen, CLU vrací disk Rinzlerovi, který se dívá směrem k městu. Po setkání s Xemnasem a mladým Xehanortem se Sora ocitá v aréně Zeměplošských válek. Když si prohlíží své okolí, objeví se před ním CLU s Rinzlerem po boku. Tam CLU potvrdí, že to byl on, kdo v první řadě proměnil Trona v Rinzlera, ale on souhlasí s tím, že ho promění zpět v Trona výměnou za Keyblade. Když se Sora odmítne podřídit, CLU prohlásí, že mu bude muset Keyblade vzít násilím. Rinzler napadne Soru a obě bitvy. Během boje se Sorovi podaří osvobodit Rinzlera tím, že ho probodne Keybladem, což umožní Rinzlerovi vzpomenout si na jeho staré vzpomínky na jeho staré já. To rozzlobí CLU, který se pokusí Soru zlikvidovat svým diskem, ale Rinzler, který si vzpomene na své staré přátelství se Sorou, skočí do cesty a způsobí, že se disk odrazí dolů na podlahu a vytvoří pod ním zející díru. Po sledování těchto událostí CLU rozhodne, že se bude muset se Sorou vypořádat později a vyrazí ho vyzvednout.
Po Rikuově příchodu do Sítě se za ním objeví CLU s dvojicí stráží a on ho donutí zúčastnit se bitvy Světelných cyklů. Poté, co se Riku podaří zlikvidovat některé stráže na jejich cyklech, stejně jako přivolaného Commantise, Riku vyhodí do vzduchu stěnu se svým světelným cyklem a podaří se mu uniknout. Když Riku doprovází Sama Flynna, jeho otce Kevina a Quorru do Portálu, najde na ně CLU čekající. Povolá Commantise, aby předvedl aplikace, které má k dispozici, dokud Riku neodkladně nezničí Požírače Nočních můr. Poté CLU hořce mluví o svých plánech na dokonalost, ale je odsouzen svým stvořitelem, Kevinem, který mu řekne, že neví, co je to dokonalost, protože nevěděl, co to je, když ho stvořil. Omluví se svému výtvoru, jen aby byl násilně kopnut a sražen na zem, a Sam zaútočí na CLU, aby pomstil svého otce. Program ho bez námahy odhodí stranou a Riku a Quorra přijdou Samovi na pomoc. Kevin doufá, že zachrání svého syna, a řekne CLU, aby si vzpomněla, pro co přišel: pro svůj identifikační disk, klíč, který by mu umožnil uniknout z Sítě a vstoupit do skutečného světa. CLU se přiblíží ke Kevinovi a vezme si disk, ale když ho prozkoumá a vidí, že je skutečně Quorrův, program se zoufale snaží získat zpět Kevinův tím, že skočí na druhou stranu mostu. Sam a Quorra neochotně nechají Kevina na jeho rozkaz a otevřou Portál, aby unikli z Sítě, a Riku zablokuje cestu k Portálu, aby je CLU nemohla sledovat. Kevin se pak obětuje, aby zničil CLU, tím, že donutí program, aby se vrátil do jeho bytosti, což způsobí masivní explozi.
Zbraně: Identity Disc • Baton • Seznam zbraní Tron
Hra Prvky: Hra v Kingdom Hearts • Magic
Disney Worlds: Wonderland • Deep Jungle • Olympus Coliseum/Underworld/Olympus • Agrabah • Atlantica • Halloween Town/Christmas Town • Neverland • Hundred Acre Wood • The Land of Dragons • Beast’s Castle • Port Royal/The Caribbean • Pride Lands • Space Paranoids • Dwarf Woodlands • Castle of Dreams • Deep Space • La Cité des Cloches • The Grid • Prankster’s Paradise • Country of the Musketeers • Toy Box • Kingdom of Corona • Monstropolis • Arendelle • San Fransokyo • Game Central Station/Niceland/Cy-Bug Sector/Candy Kingdom