Koruna byla navázána na švédskou korunu.
Koruna se stala oficiální měnou Estonska 1. ledna 1928, přičemž od roku 1924 byla zúčtovací jednotkou. Nahradila marku v poměru 100 marek = 1 koruna. První koruna se dělila na 100 senti.
V roce 1924 byla koruna navázána na švédskou korunu v paritě a měla zlatý standard 2480 korun = 1 kilogram zlata. Tento standard získal skutečné krytí, přičemž hodnotu koruny kryly rezervy. V Estonsku bylo ukončeno vydávání pokladničních poukázek a směnek. Aby byla zajištěna důvěryhodnost koruny, vyměnila Estonská banka (Eesti Pank) korunu za zahraniční měnu. Tato opatření obnovila důvěru v domácí bankovní a měnový sektor, pomohla s oživením ekonomiky země a zlepšením postavení Estonska na mezinárodní scéně.
V roce 1933, během velké hospodářské krize, byla koruna vyňata ze zlatého standardu, devalvována o 35 % a navázána na libru šterlinků (GBP) v kurzu 1 GBP = 18,35 koruny. Tento kurz si koruna udržela a byla v oběhu až do napadení Estonska Sovětským svazem v roce 1940. Během sovětské nadvlády se koruna vyměňovala za rubl v kurzu 1 rubl = 0,8 koruny.
Poslední mince ražená před sovětským převzetím moci.
V roce 1928 byly vydány první korunové mince, nikl-bronzové mince v hodnotě 25 haléřů.
Dne 25. července 1940, čtyři dny po vzniku Estonské sovětské socialistické republiky, byla vyrobena poslední mince první koruny, nová bronzová mince v hodnotě 1 centu z roku 1939.
V roce 1927, ještě před oficiálním zavedením koruny, byly v oběhu bankovky v hodnotě 100 marek s přetiskem “ÜKS KROON” (1 koruna). V roce 1928 zavedla Estonská banka bankovku v hodnotě 10 korun, v roce 1929 následovaly bankovky v hodnotě 5 a 50 korun, v roce 1932 bankovky v hodnotě 20 korun a v roce 1935 bankovky v hodnotě 100 korun.
V roce 2011 byla koruna nahrazena eurem.
Dne 20. června 1992 byla v Estonsku znovu zavedena koruna, která nahradila sovětský rubl v kurzu 1 koruna = 10 rublů (každá osoba si mohla vyměnit maximálně 1500 rublů za 150 korun). Původně byla estonská koruna vázána na německou marku (DEM) v kurzu 8 kroun = 1 DEM. Po zavedení eura v roce 1999 vedl pevný směnný kurz 1,95583 DEM za 1 EUR ke směnnému kurzu 15,64664 krooni za 1 EUR. Když se Estonsko 27. června 2004 připojilo k systému ERM II, byla centrální parita koruny revalvována (o méně než 0,001 %) na 15,6466 krooni za 1 euro. Dne 1. ledna 2011 nahradilo euro korunu jako estonskou měnu, ačkoli koruna obíhala vedle eura až do 15. ledna, kdy přestala být zákonným platidlem. Estonská centrální banka však stále vyměňuje bankovky a mince koruny za mince eura, a to bez stanovené částky nebo časového omezení.
V roce 1992 byly zavedeny bankovky v nominálních hodnotách 1, 5, 10, 25, 100 a 500 korun. Některé bankovky v hodnotě 5, 10, 25, 100 a 500 korun byly datovány rokem 1991. V průběhu roku 1994 byla zavedena nová 50korunová bankovka. Na rozdíl od ostatních bankovek byly bankovky v hodnotě 1 a 50 korun vydány pouze jednou.
V roce 2008 vydala Estonská banka pamětní bankovku v hodnotě 10 korun.
V roce 1992 byly zavedeny mince druhé koruny (některé s datem 1991) v nominálních hodnotách 5, 10, 20 a 50 senti a také 1 koruna. Všechny mince byly raženy z hliníko-bronzu, s výjimkou mince v hodnotě 1 koruny, která byla vyrobena z měďnatého niklu. V roce 1997 však byla zavedena poniklovaná ocelová mince v hodnotě 20 sentů a v roce 1998 následovala hliníko-bronzová mince v hodnotě 1 koruny. Mince 5 sentů nebyla po roce 1994 vydávána, zůstala však zákonným platidlem. Měděné niklové mince v hodnotě 1 koruny z let 1992, 1993 a 1995 přestaly být zákonným platidlem 31. května 1998. Spolu s nimi byla zavedena řada pamětních mincí v nominálních hodnotách 1, 5, 10, 15,65, 25, 50, 100 a 500 korun.