Hanniganová se narodila ve Washingtonu, D.C. a začala hrát ve čtyřech letech, když se v jedenácti letech objevila v reklamách, které se stěhovaly do Hollywoodu. Navštěvovala střední školu North Hollywood High School, úspěšně dělala konkurz na agenty, zatímco navštěvovala svého otce v Santa Barbaře. Po střední škole navštěvovala Kalifornskou státní univerzitu v Northridge, kde byla členkou spolku Alpha Chi Omega a získala titul z psychologie.