V letech 1993 až 2002 Shimomura pracovala pro Square (nyní Square Enix), kde komponovala pro dalších osm her, Super Mario RPG, Parasite Eve a Legend of Mana. Během práce pro Square se proslavila především prací na soundtracku k Kingdom Hearts, což byla její poslední hra pro společnost před odchodem. Počínaje Mario & Luigi: Superstar Saga začala pracovat jako aktivní freelancer, psala pro více než tucet titulů.
Díla Shimomury si získala velkou popularitu a byla provedena na několika koncertech videoher, včetně jednoho, Sinfonia Drammatica, který byl zaměřen napůl na její album „největších hitů“, Drammatica: The Very Best of Yoko Shimomura, a napůl na hudbu z předchozího koncertu. Hudba z několika jejích her byla vydána jako aranžovaná alba a jako klavírní partitury.