Dr. Heinz Doofenshmirtz vytvořil „Evil-Gathering-inator“, který povolává padouchy z různých světů, aby společně převzali kontrolu nad světy. Hrdinové jako Perry Ptakopysk (Agent P), Randy Cunningham, Dipper Pines a Mabel Pines, Wander a Sylvia spojují síly, aby zastavili padouchy a zachránili jejich světy.
Později se ukáže, že padouši se spojili, aby zachránili své světy před zlým snovým démonem Billem Cipherem, který svou mocí ohrozil veškerou realitu a je padouchy vězněn; a boj hrdinů proti padouchům pouze osvobodil Ciphera z jeho dimenzionální buňky, protože nyní plánuje ovládnout jejich světy. Když si hrdinové uvědomí svou strašlivou chybu, pokračují v porážce Ciphera, který pak v hněvu a porážce zmizí a umožní hrdinům i padouchům vrátit se zpět do svých světů.
Začátek hry má krátkou výukovou fázi, kterou vede Major Monogram z Phineas a Ferb. Každá fáze se skládá ze dvou normálních úrovní a jedné úrovně bossů (kromě finální fáze). Každá fáze je udržována jedním padouchem. Každá normální úroveň má několik „spawnerů“, kteří přivádějí přisluhovače, aby na hráče zaútočili. Cílem je zničit všechny spawnery a pak věž, která se objeví uprostřed místnosti po poražení spawnerů. Spawneři se objevují podle vzoru, po 5 nebo 6 sekundách pobytu nad zemí se potopí zpět do podzemí. Spawneři nemohou být zraněni, když jsou pod zemí. Úrovně bossů se obvykle skládají z jednoho hlavního bosse. Bossové mohou také zplodit přisluhovače. První fáze je Gravity Falls, pak Wander Over Yonder, pak Randy Cunningham a nakonec Phineas a Ferb. Bossy jsou Gremloblin, loď Lorda Hatera, robot McFist a rozbíječ Norm Bot.
Po porážce Norm Bot Smash-inatora obdržíte zprávu od majora Monograma, že jste vyhráli a že vedlejší dveře vás vrátí do Monogramu. Při vstupu do něj se setkáte s Billem Cipherem, který odhalí padouchy, kteří se spojili, aby ho zastavili, a zamkli ho do dimenzionální cely. Ale protože jste ho porazili, je nyní volný! Nyní musíte porazit Billa. Bill má výrazně více bodů zdraví než všichni předchozí šéfové a je také těžší ho zasáhnout, protože je za řadou barelů. Když se zblázní, barely zmizí, ale bude těžší se mu vyhnout. Poté, co ho porazíte, objeví se obrázek se všemi protagonisty hry, kteří útočí na Billa s veršem „Všichni hrdinové (a padouši) se vrátili do svých domovských světů…ale nikdo z nich nikdy nezapomněl na oko chlápka se zlým trojúhelníkem.“
Ostatní: Afrika • Anglie • New York City • Big Ben • Mars • Tokio • Londýn • Čína • Indie • Kanada • Chile • Havaj
Villains: The Sorcerer • The Sorcerer’s Rat • Willem Viceroy • Hannibal McFist • Catfish Booray • Jerry Driscoll • Mac Antfee • The Sorceress • Tengu • NomiRandy • Evil Julian • Krackenstein • Robo-Snake • Robo-Frog • Robo-Lizard • Slaying Mantis • Psycho-Bot • Disciplinář • Franz Nukid • Jack Hammer • Chessbot 5000 • Chainsaw Werewolves • Snowman Robot • Elf Robots • Rhinosaurus • Punk-Bots • Monk-Bots • Robo-Hooligans • Armor-Dillo • McFist Product Bot • Polar Bear Bot • Shark-Dermanator • Whoopee 2.0 • Amp-Bots • Berserkers • Laser Tag Robots • Cowboy Bots • Assassin Bot • Robo-Hound • Destructo-Bot • P. A. L. • Queen Gabnidine • Blob Monster •
Druhá série: „Flume-Igation“ • „On the Poolfront“ • „Welcome Back Catfish“ • „All the Juice That’s Fish to Swim“ • „Julian’s Birthday Surprise“ • „True Bromance“ • „Unstank My Hart“ • „Whoopee 2: The Wrath of Whoopee 2“ • „M-M-M-my Bologna“ • „Everybody Ninj-along“ • „Fudge Factory“ • „Best Buds“ • „Otto Know Better“ • „Brolateral Damage“ • „Let the Wonk One In“ • „The Curse of Mudfart“ • „Shoot First, Ask Questions Laser“ • „Ninjception“ • „Happy Hanukkah, Howard Weinerman!“ • „Snow-Klahoma!“ „Randy Cunningham’s Day Off“ • „Bro-ing Down the House“ • „Living in Shooblivion“ • „McNinja – Brought to You by McFist“ • „Mastermind of Disastermind“ • „The Brawn Also Rises“ • „Debbie Meddle“ • „Aplopalypse Now“ • „Rorg: Hero of a Past“ • „Mort-al Combat“ • „Wonkin’ for the Weekend“ • „Ninjafan“ • „When Howie Met Randy“ • „Bro Money Bro Problems“ • „The Three Mascot-teers“ • „Escape from Scrap City“ • „Space Cow-Bros“ • „The Fresh Principal of Norrisville High“ • „The Prophecy of Hat Sword“ • „Fake Fight for Your Right to Party“ • „McCluckerbusters“ • „Let Them Eat Cake Fries“ • „Club Ninja-dise“ • „To Smell and Back“ • „Big Trouble in Little Norrisville“ • „Winner Takes Ball“ • „Ball’s Well That Friends Well“
The Shorts: The First Take • The Smile • The Killjoy • The Theme Song • The Bathroom Break • The Planetary Conqueror • The Sharpshooter • The Glitch • The Caller • The Whatever • The Big Finish
Sezóna 2: Větší nenávist • Velký den • Snídaně • Fremergency Fronfract • The Boy Wander • The Wanders • The Axe • The Loose Screw • The It • The Cool Guy • The Catastrophe • The Rager • The Good Bad Guy • The Battle Royale • The Matchmaker • The New Toy • The Black Cube • The Eye on the Skullship • The Secret Planet • The Bad Hatter • The Hole…Lotta Nuttin’ • The Show Stopper • The Cartoon • The Bot • The Family Reunion • The Rival • My Fair Hatey • The Legend • The Bad Neighbors • The Party Poopers • The Waste of Time • The Hot Shot • The Night Out • The Search for Captain Tim • The Heebie Jeebies • The Sick Day • The Sky Guy • The Robomechabotatron • The Flower • The End of the Galaxy
Shorts: The First Take • The Smile • The Killjoy • The Theme Song • The Bathroom Break • The Planetary Conqueror • The Sharpshooter • The Glitch • The Caller • The Whatever • The Big Finish
2. řada: This Guy’s the Real Deal • Hello Song • Gettin’ Ready for the Big Day • Gelatinous Bob’s • Hater Makes It Better • Let the Pun Fit the Crime • Commander Who’s Made His Last Command • Starbella’s Theme • We’re Gonna Party Like It’s Your Last Night Alive • Ask Her a Question • That’s How We’ll Get Her • Let’s All Go Meet Dominator • You’re the Greatest • I’m the Bad Guy