Huene se narodil v Tübingenu ve Württemberském království. Mezi jeho objevy patří kostry stáda více než 35 Plateosaurů, kteří byli pohřbeni v sesuvu bahna, raný protodinosaurus Saltopus v roce 1910, Proceratosaurus v roce 1926, obří Antarctosaurus v roce 1929 a mnoho dalších dinosaurů a zkamenělých zvířat jako pterosauři. Byl také první, kdo popsal několik vyšších taxonů, včetně Prosauropody a Sauropodomorphy.
Liassaurus huenei, raný masožravý teropod, byl po něm pojmenován v roce 1995, ačkoliv rod může být neplatný.
V roce 1928 navštívil Geopark Paleorrota a v roce 1938 tam sbíral Prestosuchus chiniquensis.