Haynesova jeskyně je jednou z nejstarších jeskyní v povodí řeky Greenbrier v Západní Virginii. Nachází se v komplexu hydrologie historického povodí Druhého potoka v okrese Monroe.
Haynesova jeskyně byla jediným soupeřem proti Organ Cave jako místu objevu Megalonyx jeffersonii Thomase Jeffersona. Nedostatek přesných záznamů a neurčitost popisů ponechaly mnoho prostoru pochybnostem o skutečném umístění lenochodí kostry. Jefferson chtěl spojit kosti s prvními zprávami o obrovském lvu v Severní Americe, ale věděl, že fosilie je neúplná. Rozhodl se, až do dalšího objevení, omezit jméno na „Velký pařát“, protože to byla v té době nejvíce charakteristická vlastnost kostry.
Vědělo se, že těžaři ledku v jeskyni používají jednu z lenochodových nohou-kostí k podepření ledku-kádě, aby pomohli při výrobě střelného prachu nitru, ale tato noha byla ztracena v čase. Thomas Jefferson i první objevitel, plukovník John Stuart, doufali, že najdou lebku tohoto tvora, protože zuby odhalí jeho pravou identitu masožravce nebo býložravce.
V roce 1797 Thomas Jefferson představil kosti Americké filozofické společnosti ve Filadelfii a druh byl později na jeho počest pojmenován Megalonyx jeffersonii. V roce 1799 doktor Caspar Wistar správně identifikoval ostatky jako patřící obřímu pozemnímu lenochodovi.
19. září 2008 byla zveřejněna oficiální zpráva o tomto významném fosilním objevu a uhlíkové datování z lopatky lenochoda Haynesova jeskyně prokázalo shodu s kostrou vykopanou plukovníkem Johnem Stuartem z Greenbrier County Od března 2008 je Megalonyx oficiální „státní fosilií“ Západní Virginie.