Lagomorfa (králíci, zajíci, pikas)
Řád primátů je součástí kladu Eutheria, který je hnízděn v kladu Euarchontoglires třídy Mammalia. Nedávný molekulárně genetický výzkum primátů, colugů a treeshrewů ukázal, že oba druhy colugů jsou více příbuzné primátům než treeshrewům, i když treeshrewové byli svého času považováni za primáty. Tyto tři řády tvoří klad Euarchonta. Tento klad se spojuje s kladem Glires (složeným z Rodentie a Lagomorphy) a tvoří klad Euarchontoglires. Různě jsou Euarchonta i Euarchontoglires řazeni jako nadřády. Také někteří vědci považují Dermopteru za podřád Primátů a nazývají „pravé“ primáty podřádem Euprimates.
Předpokládá se, že primátský rodokmen sahá až k nejméně 65 Mjá, i když nejstarším známým primátem z fosilního záznamu je Plesiadapis (c. 55-58 mjá) z pozdního paleocénu. Jiné studie, včetně studií molekulárních hodin, odhadly původ větve primátů na období střední křídy, kolem 85 mya.
V moderním kladistickém počítání je řád Primátů monofyletický. Podřád Strepsirrhini, primáti „s vlhkým nosem“, se obecně předpokládá, že se oddělil od primitivní linie primátů asi před 63 mya (miliony let), i když jsou podporována i dřívější data. Sedm rodin strepsirhinů jsou čtyři příbuzné rodiny lemurů a tři zbývající rodiny, které zahrnují Aye-aye, loridy a galagy. Starší klasifikační schémata obalují Lepilemuridae do Lemuridae a Galagidae do Lorisidae, čímž vzniká rozdělení rodiny tři-dva místo rozdělení na čtyři-tři, jak je uvedeno zde. Během eocénu byla většina severních kontinentů ovládána dvěma skupinami, adapidy a omomyidy. První z nich je považován za člena Strepsirrhini, ale nemá zubní hřeben jako moderní lemuři. Druhý byl blízce příbuzný tarsierům, opicím a opicím. Není jasné, jak přesně tyto dvě skupiny souvisí s existujícími primáty. Omomyodi zahynuli asi 30 mya, zatímco Adapidi přežili asi do 10 mya.
Podle genetických studií se lemuři z Madagaskaru odlišovali od lorisiforem přibližně 75 mya. Tyto studie, stejně jako chromozomální a molekulární důkazy, také ukazují, že lemuři jsou si navzájem bližší než ostatní strepsirrhini primáti. Nicméně Madagaskar se oddělil od Afriky při 160 mya a od Indie při 90 mya. Aby byli lemuři navzájem bližší než ostatní strepsirrhini primáti, předpokládá se, že velmi malá původní populace přišla na Madagaskar přes jednu raftovací událost před 50 až 80 miliony let. Byly zkoumány další možnosti kolonizace, například vícenásobné kolonizace z Afriky a Indie, ale žádná není podložena genetickými a molekulárními důkazy.
Až donedávna bylo obtížné Aye-aye zařadit do Strepsirrhini. Byly navrženy teorie, že jeho čeleď, Daubentoniidae, byla buď lemuriformní primát (což znamená, že její předkové se oddělili od linie lemurů nedávno, než se rozdělili lemuři a loriseové) nebo sesterská skupina ke všem ostatním strepsirrhinům. V roce 2008 bylo potvrzeno, že čeleď Aye-aye (Daubentoniidae) je lemuriformní a pochází ze stejné původní populace lemurů, která připlula na ostrov, je obsažena v infrařádu Chiromyiformes a tvoří sesterský klad lemurů.