Spider-Man 2099 (vlastním jménem Miguel O’Hara) je marnotratný genetik irsko-mexického původu, který pracuje pro megakorporaci Alchemax. Pochází z budoucnosti, konkrétně z roku 2099.
Poté, co Miguel O’Hara získal své schopnosti díky neúspěšnému genetickému experimentu, převzal plášť Spider-Mana a chránil Nueva Yorka jako svého nejnovějšího superhrdinu. Je namluven Freddym Rodriguezem.
Spider-Man 2099 se později znovu objeví ve čtvrté části, přivolaný „konečným“ Spider-Manem, spolu s několika dalšími náhradníky Spider-Manem, Spider-Manem Noirem, Spyderem-Knightem, Spider-Girl, Spider-Hamem a konečným Spider-Manem, aby vytvořili Web-Warriors, aby mohli bojovat proti Spider-Goblinovi, arachnidní formě Goblina, způsobené tím, že si píchne sérum složené z DNA každého Spider-Mana. Web-Warriors bojují proti Spider-Goblinovi a s pomocí Electra se jim ho podaří sesadit a promění ho zpět v Normana Osborna. Electro je však poté zradí, sloučí se s Helicarrierem a přemění ho v masivní bojovou mechu. Web-Warrioři rozptýlí Electra, zatímco Spider-Girl a Spider-Ham se podaří Helicarrier vypnout. Poté, co Spider-Man porazí Electra, se Spider-Man 2099 vrací do své dimenze spolu se zbytkem Web-Warriors.
Villains: Red Skull • MODOK • Abomination • Loki Laufeyson • Ultron • Whiplash • Venom • Doctor Octopus • Leader • Doctor Doom • Nighthawk • Doctor Spectrum • Power Princess • Speed Demon • Super-Adaptoid • Annihilus • Destroyer • Grim Reaper • Crimson Dynamo • Green Goblin • Lizard • Taskmaster • Sandman • Electro • Hydro-Man • Kraven the Hunter • Baron Strucker • Ronan the Accuser • Galactus • Thanos • Viper • Enchantress • Magneto • Mystique • Baron Zemo • Nebula • Korath • Surtur • Fire Demons • Michael Korvac • Maestro • Morgan le Fay • Black Widow II • Batroc • Shocker • Vulture • Ghost • Seeker • Growing Man • Dormammu • Dracula • Ultimo • Sandgirl • Hala • High Evolutionary
Other Characters: Nick Fury • Maria Hill • Jane Foster • J.A.R.V.I.S. • Deadpool • Harry Osborn • Howard the Duck • Cosmo the Spacedog • Odin Borson • Ben Parker • May Parker • Betty Brant • Liz Allan • Muneeba Khan • J. Jonah Jameson