Lee byl ovlivněn Waltem Disneym, jedna z knih, na kterou si jako malý chlapec šetřil, byla Umění Walta Disneyho. Nakonec Lee potřeboval práci a jeho strýc, Martin Goodman, vydavatel Timely Comics, ho najal jako asistenta v kanceláři. Zpočátku jeho práce zahrnovala jen drobné povinnosti jako udržování zásob pro talenty jako inkoust pro umělce. Nakonec dostal Lee šanci psát profesionálně, což byl povinný textový příběh v Captain America Comics #2, „Captain America Thwarts the zrádce’s Revenge“ (v němž Lee vytvořil superhrdinův typický tah, kdy používal svůj štít jako vrhací zbraň) a dělal to dokonce i během druhé světové války, kdy byl naverbován do US Army jako součást Signal Corps.
Lee, dlouholetý komiksový veterán jako šéfredaktor komiksů Marvel, zvažoval v roce 1961 skončit s pocitem, že promrhává svůj život v terénu a řídí se diktátem svého vydavatele, například když mu bylo v 50. letech nařízeno propustit všechny tvůrčí pracovníky, aby se společnost mohla na chvíli spolehnout na nezveřejněný archivovaný obsah a také donekonečna sledovat žánrové výstřelky. Nicméně jeho manželka Joan mu navrhla, aby si dopřál napsat komiks, jak by to preferoval jako první, protože se stejně chystá odejít. Společně s umělcem Jackem Kirbym vytvořil Lee The Fantastic Four, kombinující Kirbyho přepracovanou premisu z jeho dřívější série pro DC Comics, The Challengers of the Unknown, s jeho vlastními představami o složité hře postav v superhrdinských příbězích.
Jako šéfredaktor byl Lee také zodpovědný za koncept Marvel Universe, sdíleného vesmírného prostředí, kde se většina postav společnosti bude vzájemně ovlivňovat napříč různými tituly. Jako oficiální autor většiny komiksů zasazených do tohoto prostředí byl Lee schopen být informován o různých aktivitách postav a koordinovat události, aby jim umožnil ovlivňovat příběhy v jiných titulech. To lákalo čtenáře k tomu, aby si je koupili a sledovali celý rozsah prostředí. O desetiletí později, mediální franšíza, Marvel Cinematic Universe přizpůsobila tento narativní koncept velkému úspěchu ve své filmové a televizní produkci.
Později v jeho spisovatelské kariéře byl Lee oficiálně požádán ministerstvem zdravotnictví americké federální vlády, aby vytvořil komiksový příběh o zneužívání drog. Lee souhlasil a vytvořil třídílný příběh zmiňující sociální problém, jen aby zjistil, že organizace pro cenzuru komiksového média, Comics Code Authority, odmítla dát jejich souhlas, protože příběh měl užívání drog a považoval kontext příběhu za irelevantní. Lee, přesvědčený, že původní vládní požadavek mu dodá důvěryhodnost a s podporou jeho vydavatele, se kodexu vzepřel a vydal ho bez pečeti. Stalo se, že Marvel Comics měl dostatečnou tržní sílu, aby ignoroval jakoukoliv zdrženlivost trhu a příběh byl veřejně chválen za řešení sociálního problému, zatímco odpor kodexu byl vysmíván jako kontraproduktivní. Jako takový Lee vážně podkopal důvěryhodnost organizace pro cenzuru a ta nakonec sklouzla do bezvýznamnosti o desítky let později.
Nakonec byl Lee povýšen na prezidenta Marvel Comics, ale jeho povinnosti byly nespokojené a nakonec se přestěhoval do Los Angeles, aby se pokusil začít s filmovými adaptacemi obsahu společnosti. To se ukázalo jako frustrující boj po desetiletí s mnoha navrženými projekty, ale zřídkakdy se uskutečnily, zatímco příliš mnoho dokončených projektů nesplnilo Leeovy naděje. Nakonec na konci 90. let Leeovo úsilí konečně dosáhlo úspěchu, o kterém snil, s úspěšnými filmovými vlastnostmi počínaje filmovou sérií Blade. Nakonec s Iron Manem v roce 2008 začal Marvel Cinematic Universe a stal se dominantní filmovou franšízou, která vedla k tomu, že Disney v roce 2009 získal Marvel Comics.
Ve filmech od Disneyho točil cameo ve filmech Avengers, Iron Man 3, Thor: Temný svět, Captain America: Zimní voják, Strážci Galaxie, Big Hero 6, Avengers: Age of Ultron, Ant-Man, Captain America: Občanská válka, Doctor Strange, Strážci Galaxie Vol. 2, Spider-Man: Návrat domů, Thor: Ragnarok, Black Panther, Avengers: Infinity War, Ant-Man and the Wasp, Captain Marvel a Avengers: Endgame, přičemž jeho cameo v Endgame je jeho poslední cameo MCU. Jeho cameo v Big Hero 6 je obzvláště relevantní, protože namluvil pana Fredericksona.
V televizních seriálech se objevil ve filmech Phineas a Ferb: Mission Marvel, Ultimate Spider-Man, Hulk and the Agents of S.M.A.S.H., Avengers Assemble, Agents of S.H.I.E.L.D., Agent Carter, Daredevil, Jessica Jones, Luke Cage, Iron Fist, The Punisher, The Defenders, Spider-Man, Runaways, Guardians of the Galaxy, Cloak & Dagger a Big Hero 6: The Series.
Také natočil cameo v The Princess Diaries 2: Royal Engagement jako svatební host tří panáků.
Dokonce natočil nemluvící cameo jako netizen, kolem kterého Vanellope běží v Oh My Disney ve filmu Ralph Breaks the Internet.
V roce 1995 měl cameo v Mallrats; to bylo uvedeno v Captain Marvel.
Lee působil jako výkonný producent v seriálech The Avengers, Iron Man 3, Thor: Temný svět, Captain America: The Winter Soldier, Guardians of the Galaxy, Avengers: Age of Ultron, Captain America: Občanská válka, Doctor Strange, Guardians of the Galaxy Vol. 2, Spider-Man: Homecoming, Thor: Ragnarok, Black Panther, Avengers: Infinity War, Ant-Man and the Wasp, Marvel Rising: Secret Warriors, Captain Marvel, Avengers: Endgame, Dark Phoenix, Spider-Man: Far From Home a The New Mutants.
Lee byl jedním z členů Disney Legends Class roku 2017.
Lee zemřel 12. listopadu 2018. Po jeho smrti tehdejší výkonný ředitel Disney Bob Iger tweetoval:
“Stan Lee byl stejně neobyčejný jako postavy, které vytvořil. Superhrdina po právu fanouškům Marvelu po celém světě, Stan měl moc inspirovat, bavit a spojovat. Rozsah jeho představivosti byla překročena pouze velikostí jeho srdce.”
Na úvodní stránce loga Marvel Studios pro Kapitána Marvela se místo jejich superhrdinů objevily jeho fotografie na počest Leeova skonu v roce 2018. Spider-Man: Far From Home byl věnován jemu a Stevu Ditkovi.
Televizní speciál Celebrating Marvel’s Stan Lee byl odvysílán na stanici ABC 20. prosince 2019.