Ve vědecké nomenklatuře jsou synonyma různé vědecké názvy používané pro jeden taxon. Použití a terminologie se liší pro zoologii a botaniku.
V zoologické nomenklatuře jsou synonyma různá vědecká jména, která se vztahují ke stejnému taxonu, například dvě jména pro stejný druh. Pravidlem zoologické nomenklatury je, že první jméno, které má být zveřejněno, je starší synonymum; všechna ostatní jsou mladší synonyma a neměla by se používat.
Synonyma jsou „objektivní“, pokud jednoznačně odkazují na stejný taxon; to je případ, pokud odkazují na stejný popis nebo stejný typ exempláře. V opačném případě jsou synonyma „subjektivní“, což znamená, že existuje prostor pro diskusi: jeden výzkumník by mohl považovat obě jména za odkaz na stejný taxon, jiný by mohl nesouhlasit.
Například Werner Janensch publikoval název Giraffatitan brancai v roce 1914 pro druh Brachiosaurus, a v roce 1988 Gregory S. Paul poznamenal, že africká forma (na které jsou založena nejpopulárnější vyobrazení Brachiosaurus) vykazovala významné rozdíly od severoamerické formy (B. altithorax), zejména v proporcích jeho trupových obratlů a v jeho gracilní stavbě. Paul tyto rozdíly použil k vytvoření podrodu, který pojmenoval Brachiosaurus (Giraffatitan) brancai. V roce 1991 George Olshevsky tvrdil, že tyto rozdíly jsou dostatečné k zařazení afrického brachiosaurida do jeho vlastního rodu, jednoduše Giraffatitan. Toto přejmenování nedosáhlo všeobecného přijetí.
Objektivní synonyma jsou běžná na úrovni rodů, protože dva badatelé mohou nezávisle dospět k závěru, že druh je dostatečně odlišný od ostatních ve svém rodu, takže je třeba mu dát vlastní rod. Každý tedy pojmenuje nový rod se stejným typovým druhem; to jsou objektivní synonyma.