Když se Michael Eisner stal v roce 1984 předsedou představenstva a výkonným ředitelem Walt Disney Productions, chtěl se vyvázat z Disneyho dohody s Wrather Corporation a přenést Disneyland Hotel pod deštník The Walt Disney Company. Wrather odmítl prodat, stejně jako před mnoha lety odmítl Walt Disney. Wrather zemřel dva měsíce poté, co Eisner převzal Disney a o pět let později, v roce 1989, Disney koupil celou Wrather společnost. V té době Wrather společnost vlastnila také RMS Queen Mary a Hughes H-4 Hercules (dále jen „Smrková husa“) v Long Beach, stejně jako práva na Osamělého jezdce a televizní seriál Lassie. Ačkoliv si Disney hotel ponechal, prodal ostatní aktiva, která s koupí přišla.
Rozšíření resortu 1999–2001
V roce 1999 byla značná část hotelu zbourána, aby uvolnila místo pro Downtown Disney a nové parkovací plochy pro velkou expanzi Disneyland Resortu. Většina budov východně od Sierra Tower a severně od Marina Tower byla zbourána, včetně původních hotelových budov z roku 1955. Jediné budovy, které zůstaly v těchto oblastech, jsou kongresové centrum a parkovací garáže. Na nádvoří mezi třemi věžemi, dříve na místě Water Wonderland, byla postavena rekreační zařízení, která nahradila ta, která byla dříve umístěna východně od Sierra Tower.
Ulice dříve používané pro přístup do hotelu autem byly přeřazeny a/nebo zcela zrušeny a byla postavena nová ulice pro přístup do hotelu. Tramvajová doprava do a z hotelu byla také přerušena a Monorail zůstal jako jediný dopravní prostředek z parku do hotelu. Ztráta hotelových pokojů byla vyrovnána otevřením Disneyho Grand Californian Hotel & Spa 2. ledna 2001, ale mnoho restaurací a vybavení, které existovaly v Disneyland Hotelu před rokem 1999, nebylo nikdy nahrazeno.
Dnes nezůstala stát žádná z původních hotelových budov z roku 1955. Jen velmi málo z hotelu kromě parkovacích ploch a obslužného zázemí stojí mimo obvod vytvořený třemi zbývajícími věžemi pokojů pro hosty. Originální nápisy a další artefakty z několika obchodů a restaurací, které byly zbořeny v roce 1999, jsou vystaveny v hotelové jídelně pro zaměstnance.
ESPN Zone, Rainforest Café a AMC Theatres, všechna centra Disney, dnes zabírají velkou část bývalého hotelového prostoru východně od Sierra Tower.
Mickey Mouse theming byl od té doby využit v mnoha interiérových zařízeních a detailech v celém hotelu.
V roce 2007 byly věže Marina, Sierra a Bonita přejmenovány na Magic, Dreams a Wonder.
V dalších budovách rozlehlého hotelového komplexu jsou restaurace, obchody, kanceláře, rekreační zařízení, kongresová a banketová zařízení. V komplexu jsou také altány a zahradní plochy, které se používají pro Disneyho pohádkové svatby a líbánky.
Nová stanice Downtown Disney Monorail byla postavena na stejném místě jako bývalá stanice hotelu Disneyland a stále vozí hosty do a z Tomorrowlandu uvnitř Disneyland Parku po stejné trase, která existovala před rozšířením.
V letech 2009 až 2012 prošel hotel další velkou sérií renovací, včetně nových oken, tapet, koberců a výzdoby.
Věž snů se stala Věží dobrodružství, Věž divů se stala Věží hranic a Věž kouzel se stala Věží fantazie. Každá z těchto věží je nyní tematicky spojena s jednou z tematických zemí Disneylandu (Věž dobrodružství je tematicky spojena s Adventurelandem, Věž hranic je tematicky spojena s Hranicí a Věž fantazie je tematicky spojena s Fantasylandem).
Oblast Neverland Pool prošla také velkou proměnou, která zahrnovala 6 nových cabanas, dvě nové vodní skluzavky s ikonickým původním nápisem parku na vrcholu a repliku vláčku Monorail na vrcholu každé skluzavky. Mezi Neverland Pool a vodní hernou byl postaven nový čtyřmetrový bazén.
25. května 2011 se v hotelu otevřely dvě nové jídelní lokace, které nahradily Hook’s Pointe, Vinný sklep, Croc’s Bits & Bites a The Lost Bar–Tangaroa Terrace a Trader Sam’s. Tangaroa Terrace nabízí neformální kulinářský zážitek v budově v tahitském stylu založené na Adventurelandu a jeho atrakcích. Trader Sam’s, založený na hlavním prodejci Jungle Cruise, je bar. Tyto dvě lokace jsou uvnitř spíše malé, ale nabízejí spoustu venkovního posezení, včetně posezení u obřího krbu poblíž vchodu do prostoru bazénu.