Jacques Armand Gauthier je paleontolog obratlovců, srovnávací morfolog a systematik a jeden ze zakladatelů využití kladistiky v biologii.
V roce 1973 získal bakalářský titul v oboru zoologie na San Diego State University, v roce 1980 magisterský titul na stejném institutu a v roce 1984 doktorát v oboru paleontologie na Kalifornské univerzitě v Berkeley. V současnosti je profesorem geologie a geofyziky a ekologie a evoluční biologie a
kurátorem paleontologie obratlovců a zoologie obratlovců
na Yaleově univerzitě. Jeho diplomová práce, jejíž obsah byl publikován v roce 1982, je klasickou prací o paleontologii a fylogenezi ještěřího kladu Anguimorpha, která zůstává stěžejním referentem pro morfologický výzkum zejména Xenosauridae a Anguidae. Jeho doktorská práce představovala první velkou kladistickou analýzu Diapsidy a také argumentaci pro monofylii dinosaurů. Následoval důležitý dokument o původu ptáků z teropodů. Byla to první podrobná kladistická analýza teropodních dinosaurů a iniciovala revoluci v dinosauří fylogenetice, v níž kladistika nahradila linnaejský systém v klasifikaci a fylogenetickém chápání dinosaurů.
Gauthierův korpus je pozoruhodný v tom, že přispěl k základním fylogenetickým studiím Archosaurie a Lepidosaurie, dvou hlavních amniotových kladů; a byl hlavním autorem základní a stále hojně citované fylogenetické studie Amnioty jako celku. Fylogenetické znakové sady z jeho prací z let 1984 a 1986, amniový papír z roku 1988 a lepidosaurové a čtvercové papíry z roku 1988 stále tvoří jádro v podstatě všech fylogenetických analýz těchto skupin založených na hrubé anatomii, a jako takové patří mezi nejvíce citované papíry v amniotové morfologii a paleobiologii. Amniotový papír z roku 1988 je také často citován, aby prokázal význam odběru vzorků taxonů v fylogenetické analýze, zejména význam odběru vzorků vzácných nebo fosilních taxonů, které mohou zlomit ‘dlouhé větve’, podél kterých může dojít ke konvergenci.
V poslední době se spolu s Kevinem de Queirozem zasazuje o nahrazení linnaeanské taxonomie pomocí PhyloCode.[citace nutná] Kromě teoretické práce na systematice a taxonomii se Gauthier nadále zabývá anatomií a vztahy diapsid, zejména lepidosaurů. Jeho ještěří práce se v současnosti zaměřuje na Scincomorphu, navazuje na dlouholetý zájem o neobvyklý klad Xantusiidae. Je hlavním výzkumníkem úsilí financovaného Národní vědeckou nadací o rekonstrukci fylogeneze ještěrů a hadů (Squamata) za použití hrubé anatomie a molekulární struktury, navazující na jeho dřívější práci ve spolupráci s Richardem Estesem a Kevinem de Queirozem, která založila nejrozšířenější fylogenezi skupiny.