Mezinárodní kodex fylogenetické nomenklatury, známý zkráceně jako PhyloCode, je vyvíjející se návrh formálního souboru pravidel upravujících fylogenetickou nomenklaturu. Jeho současná verze je speciálně navržena tak, aby regulovala pojmenování kladů, přičemž správa názvů druhů je ponechána na řadových kódech (ICBN, ICZN, ICNB).
PhyloCode je asociován s Mezinárodní společností pro fylogenetickou nomenklaturu (ISPN).
PhyloCode navrhuje regulovat fylogenetickou nomenklaturu stanovením pravidel, jak rozhodnout, která sdružení jmen a definic budou považována za zavedená, která z nich budou považována za homonyma nebo synonyma a která ze souboru synonym nebo homonymií budou považována za přijatá (obecně ta, která byla zaregistrována jako první; viz níže).
Navíc PhyloCode povolí pojmenování pouze kladů, nikoli parafyletických nebo polyfyletických skupin, a povolí pouze použití exemplářů, druhů a apomorfů jako specifikátorů (kotev).
Fylogenetická nomenklatura
Na rozdíl od předchozích nomenklaturních kódů založených na hodnostech (ICBN, ICZN, ICNB) nevyžaduje PhyloCode použití hodností, i když jejich použití nepovinně umožňuje. Hodnotové kódy definují taxony pomocí hodností (například rod, čeleď atd.) a v mnoha případech typového exempláře nebo typového subtaxonu. Přesný obsah taxonu, jiného než typu, kódy založené na hodnostech neuvádějí.
Oproti tomu v rámci fylogenetické nomenklatury je obsah taxonů vymezen pomocí definice, která je založena na fylogenezi (tj. předcích a potomstvu) a používá specifikátory (např. druhy, exempláře, apomorfy) k označení skutečných organismů. Vzorec definice označuje předka. Definovaným taxonem je tedy tento předek a všichni jeho potomci. Obsah fylogeneticky definovaného taxonu se tedy opírá o fylogenetickou hypotézu.
Níže jsou uvedeny příklady typů fylogenetické definice (velká písmena označují specifikátory):
Možné jsou i další typy definic.
Následující tabulka uvádí příklady rozdílů mezi klasifikačními a fylogenetickými definicemi.
Návrh PhyloCode prošel několika revizemi. Všechny starší verze naleznete na webových stránkách. K 12. září 2007 je aktuální verze 4b.
Stejně jako u ostatních nomenklaturních kódů jsou pravidla PhyloCode uspořádána jako články, které jsou zase uspořádány jako kapitoly. Každý článek může také obsahovat poznámky, příklady a doporučení.
(Zkráceno z předmluvy PhyloCode.)
PhyloCode vyrostl z workshopu na Harvardově univerzitě v srpnu 1998, kde se rozhodovalo o jeho rozsahu a obsahu. Mnozí z účastníků workshopu spolu s několika dalšími lidmi, kteří se následně k projektu připojili, sloužili jako poradní skupina. V dubnu 2000 byl návrh zveřejněn na webu a byly vyžádány připomínky od vědecké obce.
V červenci 2002 se na Yaleově univerzitě konal druhý workshop, na kterém byly provedeny některé úpravy pravidel a doporučení PhyloCode. Čas od času byly provedeny i další revize.
První mezinárodní konference o fylogenetické nomenklatuře, která se konala od 6. července 2004 do 9. července 2004 v Paříži ve Francii, se zúčastnilo asi 70 systematických a evolučních biologů z 11 států. Byla to první otevřená, vícedenní konference, která se plně zaměřila na fylogenetickou nomenklaturu a poskytla místo pro inauguraci nové asociace, Mezinárodní společnosti pro fylogenetickou nomenklaturu (ISPN). Členství v ISPN volí Výbor pro fylogenetickou nomenklaturu (CPN), který převzal roli poradní skupiny, která dohlížela na dřívější fáze vývoje PhyloCode.
Druhé mezinárodní setkání fylogenetické nomenklatury se konalo od 28. června 2006 do 2. července 2006 v Rcs (New Haven, Connecticut, USA).
Třetí mezinárodní setkání fylogenetické nomenklatury se konalo od 21. července 2008 do 22. července 2008 na Dalhousie University (Halifax, Nové Skotsko, Kanada). (Zveřejněná zpráva je na cestě.)
PhyloCode je kontroverzní a u některých taxonomů vyvolal vyložené nepřátelství.
Počet příznivců oficiálního přijetí PhyloCode je stále malý a od roku 2009 není jisté, zda bude kód implementován a pokud ano, jak široce bude dodržován. Někteří příznivci se domnívají, že by měl být implementován, alespoň zpočátku, pouze jako soubor pravidel doprovázejících přidruženou registrační databázi RegNum a že přijetí vědeckou komunitou může vycházet z popularizace RegNum jako nástroje pro hledání jmen a definic clade.
Seznam publikovaných kritik PhyloCode lze najít na webových stránkách ISPN, stejně jako seznam vyvrácených tvrzení.