Tento článek nebo sekce potřebuje reference
Tento článek byl označen jako stránka, která potřebuje odkazy. Neváhejte přidat správné citace, odkud jsou informace shromážděny. Můžete se také podívat na diskusní stránku článků, zda je tam uvedeno něco, co může dát nějaké tipy.
Typy fylogenetických definic. Vodorovná čára označuje vývoj apomorfie uvedené v definici založené na apomorfii.(Poznámka: „založené na kmeni“ je nyní „založené na větvi“, aby se předešlo záměně s termínem „kmenová skupina“, což znamená „celkový klad minus korunní klad“.)
Fylogenetická nomenklatura (PN) nebo fylogenetická taxonomie je alternativou k klasifikační nomenklatuře, která používá definice z kladistiky (nebo fylogenetické systematiky). Jejími dvěma definičními znaky jsou používání fylogenetických definic biologických názvů taxonů a absence povinných hodností. V současné době není regulována, ale Fylogenetická nomenklatura (International Code of Phylogenetic Nomenclature) ji má po svém zavedení regulovat.
Pojmy cladism a cladist byly poprvé zavedeny Ernstem W. Mayrem v roce 1965. Někdy odkazují na kladistiku jako celek, ale často zejména první z nich odkazuje na fylogenetickou nomenklaturu a ti, kteří obhajují taxonomii založenou na kladistice, která jde nad rámec pouhého používání fylogenetických analýz jako nástroje systematiky. Tyto pojmy jsou zvláště často používány těmi, kteří preferují hodnostní nomenklaturu, a jsou tedy často používány poněkud pohrdavě.
Fylogenetické definice
Všechny formy fylogenetických definic jsou způsoby určení předka v definici jména kladu, některé přímočaré, některé vyžadují několik kroků. Možné formáty fylogenetických definic zahrnují mimo jiné:
Písmena označují „specifikátory“ (také nazývané „kotvy“[citace nutná] ); konkrétně A, B, C, X, Y a Z označují exempláře, druhy nebo větší taxony a M a N označují odvozené znakové stavy (apomorfní). Aby se předešlo nejasnostem, používání taxonů větších než druhy jako kotvy je nyní široce odrazováno (a nebude poskytnuto v rámci PhyloCode).
Takzvané „taxonové definice“ [citace nutná] lze nalézt v literatuře z konce 80. a počátku 90. let. Nejedná se o definice, ale pouze o nevyčerpávající výčet obsahů, a proto nejsou jednoznačně použitelné na všechny fylogenetické hypotézy.
Dokud všechny jejich kotvy sdílejí jakéhokoli společného předka kdykoli v současnosti nebo minulosti a za předpokladu, že neobsahují kvalifikační klauzuli (viz níže), definice založené na uzlech (ať už upravené nebo ne) vždy objektivně odkazují na klad, ať už byl tento klad správně identifikován (fylogenetikou) nebo ne. To platí i pro definice založené na větvích a apomorfii, které zmiňují pouze jeden druh nebo exemplář, který musí patřit k kladu, na který odkazují.
Je také možné záměrně omezit použitelnost fylogenetických definic kvalifikačními klauzulemi, jako v tomto příkladu: „MRCA A a B a všichni jeho potomci, za předpokladu, že B sdílí novější MRCA s A než s C“. Pokud B místo toho sdílí novější MRCA s C než s A, definice „sebedestrukce“.
U fylogenetických definic, které obsahují taxony jako kotvy, které se následně ukáží jako para- nebo polyfyletické, hrozí riziko „sebedestrukce“ navzdory záměru autora. Proto se používání taxonů větších než druh jako kotvy značně snížilo a nebude v rámci PhyloCode stanoveno.
Výše uvedené typy definic definují názvy kladů. Všichni uživatelé fylogenetické nomenklatury totiž dosud prosazovali zásadu, že by se měly jmenovat pouze klady (a obvykle i druhy), a to je také vše, co PhyloCode (který ponechá druhovou nomenklaturu na kódech založených na hodnostech) umožní. Je však možné vytvořit fylogenetické definice pro názvy parafyletických taxonů. Za předpokladu, že jsou definovány druhy Mammalia a Aves, mohla by být Reptilia definována jako „MRCA ptáků a savců a všech jejich potomků kromě ptáků a savců“. To zahrnuje taxony, které v současnosti nejsou pojmenovány, a dokonce taxony, které nemohou být pojmenovány podle kódů založených na hodnostech, aniž by došlo k vážnému narušení stávající klasifikace, například „všechny organismy, které sdílejí novějšího společného předka s Homo sapiens než s ptáky a plesiomorfně snášejí vejce“. Názvy polyfyletických taxonů by mohly být definovány odkazem na součet dvou nebo více kladů nebo parafyletických taxonů.