Termín morfologie v biologii odkazuje na formu, strukturu a konfiguraci organismu.
Patří sem aspekty vnějšího vzhledu (tvar, struktura, barva, vzor) a také forma a struktura vnitřních částí, jako jsou kosti a orgány. To je na rozdíl od fyziologie, která se zabývá především funkcí.
Používá se také termín „hrubá morfologie“, který odkazuje na prominentní nebo hlavní aspekty morfologie organismu nebo taxonu. Popis hrubé morfologie organismu by zahrnoval například jeho celkový tvar, celkovou barvu, hlavní znaky atd., ale ne jemnější detaily.
Většina taxonů se morfologicky liší od ostatních taxonů. Obvykle se blízce příbuzné taxony liší mnohem méně než taxony vzdáleněji příbuzné, ale existují výjimky. Cryptické druhy jsou druhy, které vypadají velmi podobně, nebo možná dokonce navenek identicky, ale jsou rozmnoženě izolované. Naopak někdy nepříbuzné taxony získávají podobný vzhled konvergentní evolucí nebo dokonce mimikry. Dalším problémem při spoléhání se na morfologické údaje je, že to, co se může morfologicky jevit jako dva odlišné druhy, může být ve skutečnosti analýzou DNA prokázáno jako jediný druh.