Panama byla dříve součástí Nové Granady.
Mezi nejstarší domorodé artefakty pocházející z Panamy patří paleoindiánské hroty. Jako první Evropan prozkoumal Panamský průliv Rodrigo de Bastidas, který sem dorazil v roce 1501. Později jej prozkoumali Kryštof Kolumbus v roce 1502 a Vasco Núñez de Balboa v roce 1513. První stálá evropská osada na americké pevnině, Santa María la Antigua del Darién, byla založena v roce 1510 na území dnešní Panamy. Země byla součástí Nového granadského království (1513-1739) a místokrálovství Nová Granada (1717-1819), dvou kolonií španělského impéria z raného novověku. Po rozpadu španělského impéria byla Panama připojena ke Gran Kolumbii, Nové granadské republice, Granadské konfederaci, Spojeným státům kolumbijským a poté k dnešní Kolumbii, než v roce 1903 získala nezávislost.
V době, kdy byl španělský real součástí španělského impéria, platil na území dnešní Panamy jako platidlo, které bylo v roce 1847 nahrazeno kolumbijským pesem. Rok po získání nezávislosti Panamy, v roce 1904, byly zavedeny balboa a americký dolar.
Balboa nahradila kolumbijské peso v roce 1904 poté, co se země osamostatnila od Kolumbie. Balboa obíhá vedle amerického dolaru (který je v Panamě rovněž zákonným platidlem) v kurzu 1:1 od jeho zavedení.
Mince v hodnotě 2,5 centu z roku 1907.
V roce 1904 byla představena první série panamských mincí, která se skládala ze stříbrných mincí v hodnotě 2,5, 5, 10, 25 a 50 centesimo. Hmotnost mincí vycházela z hodnoty dělené dvěma, přičemž mince 2½ centésimo měla hmotnost 1¼ gramu, mince 5 centésimo měla hmotnost 2½ gramu atd. Malá velikost mince 2½ centésimo (1 cm v průměru) vedla k tomu, že se minci začalo říkat “panamská pilulka” nebo “panamská perla”. V roce 1907 byly raženy ½ a 2½ centésimo mince z měděného niklu, v roce 1929 pak měděné 5 centésimo. V roce 1930 byly zavedeny mince s nominálními hodnotami 1⁄10, ¼ a ½ balboa a v roce 1931 je následovala mince s nominální hodnotou 1 balboa. Tyto mince byly velikostí a složením shodné s odpovídajícími mincemi Spojených států. V roce 1935 byly zavedeny nové bronzové mince 1 centésimo a v roce 1940 následovala bronzová mince 1¼ centésimo.
V roce 1966 Panama následovala Spojené státy a změnila složení stříbra na svých mincích vydáváním měděných mincí 1⁄10 a ¼ balboa s měděným plátem a mincí ½ balboa ze stříbra ryzosti .400. V tomto roce byla poprvé od roku 1947 vydána mince 1 balboa. V roce 1973 byla představena nová měděná mince ½ balboa plátovaná mědí. Pozdější emise mince 1 balboa byla vyrobena v roce 1982, ale na rozdíl od svých předchůdců byla složena z měďnatého niklu a byla mírně zmenšena.
V roce 2011 byla do oběhu uvedena bimetalová mince v hodnotě 1 balboa. V budoucnu se očekává vydání mince o hodnotě 2 balboa.
Kromě oběhových emisí byly vydány pamětní mince v hodnotách 5, 10, 20, 50, 75, 100, 150, 200 a 500 balboas.
Bankovka 20 balboa z roku 1941.
V roce 1941 byly pod vedením prezidenta Arnulfa Ariase vydány panamské bankovky. Pouze o několik dní později byly staženy z oběhu, což dalo vzniknout přezdívce “sedmidenní dolar”. Tyto bankovky v hodnotách 1, 5, 10 a 20 balboa byly po sedmi dnech spáleny, ale některé balboa bankovky byly nalezeny u sběratelů. Byly to jediné panamské bankovky, které kdy byly vydány. Předtím i potom se místo nich používaly bankovky amerického dolaru.