Kůň je kopytnatý (kopytnatý) savec, poddruh jednoho ze sedmi existujících druhů čeledi koňovitých. Kůň se vyvinul během posledních 45 až 55 milionů let z malého mnohoprstého tvora ve velké, jednoprsté zvíře dneška.
Mesohippus, předchůdce moderního koně.
Kůň, jak je dnes znám, se přizpůsobil evoluci, aby přežil v oblastech širého otevřeného terénu s řídkou vegetací, přežíval v ekosystému, kde jiná velká pasoucí se zvířata, zejména přežvýkavci, nemohla. Koně a jiní koňovití jsou lichokopytníci řádu Perissodactyla, skupiny savců, která byla dominantní v období třetihor. V minulosti tento řád obsahoval 14 rodin a mnoho druhů, ale pouze tři rodiny – koňovití (kůň a příbuzné druhy), tapír a nosorožec – obsahující 18 známých druhů se dochovaly do současnosti. Nejstarším známým členem rodu koňovitých byl Hyracotherium, který žil před 45 až 55 miliony let, v období eocénu a měl 4 prsty na každé přední noze a 3 prsty na každé zadní noze. Extra prst na předních nohou brzy zmizel s mezohippusem, který žil před 32 až 37 miliony let, a asi před 5 miliony let se vyvinul moderní Equus. Extra boční prsty se zmenšovaly, dokud nezmizely. Jediné, co z nich u moderních koní zbylo, je sada malých zakrnělých kostí na noze nad kopytem, neformálně známých jako námelové, kaštanové nebo dlahové kosti. Nohy se jim také prodlužovaly, jak mizely prsty na nohou a až se z nich stalo kopytnaté zvíře schopné běžet velkou rychlostí.
Během milionů let se koňské zuby vyvinuly také z brouzdání měkkými, tropickými rostlinami, aby se přizpůsobily brouzdání sušším rostlinným materiálem a spásání tužších trav na pláních. Proto se prakoně změnili z lesních obyvatel požírajících listí na obyvatele polovyprahlých oblastí po celém světě, včetně stepí Eurasie a Velkých plání Severní Ameriky.
Asi před 15 000 lety byl Equus ferus rozšířeným, holarktickým druhem. Koňské kosti z tohoto období, pozdní pleistocén, se nacházejí v Evropě, Eurasii, Beringii a Severní Americe. Před 10 000 lety však kůň vyhynul v Severní Americe a jinde byl vzácný. Důvody tohoto vyhynutí nejsou zcela známy, ale jedna teorie poznamenává, že vyhynutí bylo současné s příchodem člověka. Jiná teorie poukazuje na změnu klimatu a poznamenává, že přibližně před 12 500 lety trávy charakteristické pro stepní ekosystém ustoupily keřové tundře, která byla pokryta nepoživatelnými rostlinami.