Jones se narodil ve Spokane ve státě Washington. V mladém věku se přestěhoval do Los Angeles. Jonesův zájem o animaci vyvrcholil, když jeho otec (majitel) nosil domů psací potřeby z každého podniku, který uzavřel. Jones později citoval v Chucku Amuckovi, že jeho otec měl velký vliv na to, aby byl tím, kým byl. Jones opustil střední školu a později navštěvoval Chouinard Art Institute.
Když Jones začínal, jeho první kreslené filmy šly ve stopách Disneyho. Chuck Jones začal svou kariéru v animaci v roce 1933 jako asistent animátora pro Frize Frelenga. Poté, co Frank Tashlin opustil Warner Bros., měl Jones později v roce 1938 příležitost stát se režisérem animace. Přijal to a jeho práce šla v průběhu let do nových výšin.
Jones vytvořil svou první opakující se postavu Sniffles pro studio Warner Bros. Poté, co Sniffles opustil, se Jones odklonil od animace ve stylu Disney. „The Dover Boys“ je jedním z prvních použití stylizované animace v americkém filmu, čímž se odpoutal od realističtějších animačních stylů ovlivněných studiem Walt Disney.
Jones’ byl propuštěn z Warner Bros. poté, co porušil svou smlouvu, že nemůže pracovat s jinými studii, protože v roce 1961 pracoval s UPA na Gay Purr-ee, natož na krátkém období s Disneym. Jeho animační jednotka byla propuštěna poté, co dokončili poslední kreslený film, který měli v plánu, „Ledový kačer“, a zbytek studia Warner Bros. Cartoons byl uzavřen počátkem roku 1963. Jones si později našel práci v Metro-Goldwyn-Mayer a pracoval na Tomovi a Jerrym ve svém vlastním studiu Sib-Tower 12, stejně jako režíroval vánoční speciál z roku 1966, Jak Grinch ukradl Vánoce podle stejnojmenné knihy Dr. Jones často tvrdil, včetně ve výše zmíněné autobiografii, že se to stalo proto, že se Warner konečně dozvěděl, že nedělají kreslené filmy Mickey Mouse.
Jones se později krátce vrátil do Disney a pracoval jako konzultant na snímku Kdo falešně obvinil králíka Rogera a storyboardoval klavírní duelovou sekvenci s Kačerem Donaldem a Kačerem Daffym, vyložil většinu Daffyho scén a také nakreslil Zpívající meč.
V roce 1992, když šel Jones na Disneyho Aladdina, nazval ho „nejvtipnějším filmem, jaký kdy byl natočen“, a označil ho za svůj oblíbený film.
Jones zemřel 22. února 2002 ve svém domě v Corona Del Mar v Kalifornii na srdeční selhání. Byl zpopelněn a jeho popel byl na jeho žádost rozptýlen do moře. Přestože Jones již není přítomen, mnozí jeho díla uvádějí jako jedno z nejlepších v historii animace.
Spojení s Waltem Disneym
Jones vždy otevřeně obdivoval Walta Disneyho, i když s jeho politikou nesouhlasil. Během stávky animátorů Disney se Jones připojil k několika dalším zaměstnancům Warnerů na podporu stávkujících.
Navzdory tomu nepřestával Disneymu prokazovat úctu a během let mu několikrát psal dopisy, na které mu Disney vždy odpovídal. Krátce před Disneyho smrtí ho Jones navštívil v nemocnici, aby mu poděkoval. Ve své knize Chuck Reducks cituje Disneyho, jak mu říká: „Jsi jediný animátor, který mi kdy napsal.“ I ke konci svého života Jones přiznal: „I když jsme to v té době nevěděli, učili jsme se od Disneyho.“ Ve své starší knize Chuck Amuck také uvedl, že „Walt Disney, spolu s mnoha dalšími producenty, měl možná politickou prozíravost chobotnice, ale pro mě je patronem všech animátorů.“