Studio původně vzniklo v bývalém sídle Walt Disney Television Animation Australia nebo Walt Disney Animation Australia, jednoho z několika Disney televizních animačních satelitních studií zodpovědných za programy, jako jsou Goof Troop, Chip ‘n Dale Rescue Rangers, Bonkers, Quack Pack, Darkwing Duck, Timon & Pumbaa a Aladdin. Disneytoon Studios se později stalo hlavním producentem mnoha Disneyho pokračování a přímých videofilmů (spolu s divadelně vydaným Návratem do Země Nezemě, Knihou džunglí 2 a Prasátkovým velkým filmem).
Australské studio bylo uzavřeno v říjnu 2006; předvýrobní a postprodukční prostory v hlavní Disneyho parcele v Burbanku v Kalifornii v USA zůstaly v provozu. Poslední roky studia DisneyToon sloužily jako divize Walt Disney Animation Studios a vyvíjely jak divadelní, tak přímé video prvky založené na franšízách Disney Consumer Products a televizních programech, stejně jako spin-offy a původní nemovitosti.
Studio bylo uzavřeno 28. června 2018 kvůli dalším škrtům ve studiu Walt Disney Animation Studios.
Walt Disney Animation Australia pracovala na Disneyho televizních seriálech od jejich otevření v roce 1988. Společnost Walt Disney Television Animation, která byla původně subdodavatelem asijských studií jako TMS Entertainment, Cuckoo’s Nest Studios a Wang Film Productions, začala do konce 80. let zakládat vlastní zahraniční satelitní studia. Kromě Walt Disney Animation Australia založila společnost Walt Disney Animation Japan a Walt Disney Animation France (dříve studio Brizzi Brothers), které pracovaly na Disneyho televizních programech. Stejně jako u většiny amerických televizních animací se hlavní oddělení Television Animation v Kalifornii staralo o předprodukci (psaní, storyboarding a layout), zatímco satelitní studia se starala o animační produkci.
Prvním celovečerním dílem televizních studií byly v 90. letech DuckTales the Movie: Treasure of the Lost Lamp, založené na syndikovaném Disneyho televizním pořadu DuckTales. V roce 1994 bylo francouzské studio pohlceno do Walt Disney Feature Animation, když začala práce na druhém Disneyho celovečerním díle založeném na televizním pořadu A Goofy Movie (odvozeno od Goof Troop). Ve stejné době začal Disney produkovat přímá video pokračování svých celovečerních animovaných produkcí, z nichž první bylo Aladdinovo pokračování Návrat Jafara. Následovala další DTV pokračování, mezi nimi Kráska a zvíře: Začarované Vánoce (1997), Pocahontas II: Cesta do nového světa (1998), Lví král II: Simbova pýcha (1998) a Popelka II: Sny přicházejí pravdivé (2002).
V roce 2003 se australské studio stalo hlavním produkčním centrem nové divize známé jako Disneytoon Studios, která se výhradně věnuje produkci DTV pokračování a spin-offů celovečerních animačních produkcí. S uzavřením studia Disney ve Francii, na Floridě a v Japonsku do roku 2004 a také s přechodem hlavního studia celovečerních animací v Kalifornii na celopočítačovou animační produkci se Disneytoon Australia stalo jediným interním studiem Disney animací, které stále aktivně produkuje díla využívající tradiční animaci. Některé z Disneytoonových produkcí, včetně Návratu do Země Nezemě (2002) a Knihy džunglí 2 (2003), se dočkaly širokých divadelních vydání, místo aby byly vydány pouze na domácím videu. Australské studio také poskytlo další animaci na Home on the Range (2004).
Dne 25. července 2005 společnost Disney oznámila, že v říjnu 2006 po sedmnácti letech výroby uzavírá studio Disneytoon Studios Australia s tím, že jeho posledním dílem bude Popelka III: Twist in Time, které ukončilo výrobu v červenci 2006. Uzavření bylo přičítáno rostoucím nákladům na animační produkci v Austrálii. Studio Disneytoon po uzavření pokračovalo v produkci svých animovaných filmů (jak tradičních, tak počítačových s tím, že posledně jmenované v té době rostla jeho popularita) prostřednictvím outsourcingu třetím stranám. Patří mezi ně mimo jiné Rough Draft Korea, Wang Film Productions, Kennedy Cartoons, Toon City a Sunwoo.
22. června 2007 bylo vedení Disneytoon Studios předáno pod kontrolu Eda Catmulla a Johna Lassetera pod hlavičkou nedávno reorganizovaného a přejmenovaného studia Feature Animation, nyní nazývaného Walt Disney Animation Studios. Jako hlavní kreativní důstojník Lasseter požadoval zrušení všech budoucích filmů v produkci nebo vývoji v Disneytoon Studios, které nebyly spojeny s franšízou Disney Consumer Products. V důsledku toho byla mimo jiné zrušena plánovaná nebo rozpracovaná pokračování Dumbo, Chicken Little, Meet the Robinsons, Pinocchio a The Aristocats. O několik dní později bylo oznámeno, že Disneytoon již nebude produkovat budoucí pokračování Disney animovaných filmů, ale místo toho se zaměří na spin-offy a původní filmy.
Po konfliktech ohledně nového směřování divize a také po komplikacích spojených s produkcí Tinker Bell (2008), debutového filmu série Disney Fairies, se na novou pozici ve společnosti přesunula dosavadní prezidentka Disneytoonu Sharon Morillová.
Krátce poté, co bylo oznámeno, že John Lasseter opustí Disney do konce roku 2018, Disneytoon Studios ukončilo činnost.
Filmy vytvořené Disneytoon Studios zahrnují následující: