Byl známý tím, že hrál některé ze svých postav Muppeta, jako jsou žabák Kermit, pes Rowlf, doktor Zub, švédský kuchař, Waldorf, Muppet Newsman, Link Hogthrob a Mahna Mahna.
Zahrál si také s Erniem, Guyem Smileym a dalšími v Sesame Street, Cantus the Minstrel a Convincing John v Fraggle Rock a mnoha dalšími postavami.
Koncem roku 1989 udělal Jim Henson ve své kariéře radikální změnu. Chtěl se stát méně obchodníkem a více se soustředit na tvůrčí stránku produkce, a tak zahájil jednání s Michaelem Eisnerem o prodeji své společnosti a postav (bez Sezamové ulice) společnosti Walt Disney Company. Dva z jeho úplně posledních projektů skutečně nějakým způsobem zahrnovaly Walt Disney World. 6. května 1990 měli Muppeti ve Walt Disney Worldu premiéru, jako speciál o Muppetech, kteří se vydali do Kermitovy domovské bažiny a brzy poté do Walt Disney Worldu. Druhým posledním projektem byl Muppet*Vision 3-D Jima Hensona, trojrozměrná atrakce, která se v současnosti nachází v Disneyho Hollywoodských studiích. Po Hensonově náhlé a předčasné smrti se jednání zvrtla a Disney měl Muppety plně získat až v únoru 2004, který nyní ovládá prostřednictvím stoprocentně vlastněné dceřiné společnosti The Muppets Studio.
Jim se v květnu 1990 nakazil velmi vzácnou bakterií zvanou streptokok skupiny A, která byla objevena příliš pozdě na to, aby se mu dostalo řádné léčby. Zemřel ve středu 16. května 1990 v 1:21 ráno, přibližně 20 hodin a 23 minut poté, co se přihlásil na pohotovosti v newyorské nemocnici, aniž by si uvědomil, jak je ve skutečnosti nemocný. Steve Whitmire pak převzal roli žabáka Kermita, jen několik měsíců poté, co Jim zemřel, pak převzal roli Ernieho v roce 1993 do Berta Franka Oze v Sezame, otevři se. Waldorfa v roce 1992 převzal Dave Goelz. Počínaje rokem 1991 převzal roli doktora Zuba oficiálně John Kennedy, ale postava se objevila jen krátce a s velmi malým dialogem. Nicméně po jeho smrti byl pes Rowlf zcela zticha až do 2. epizody Muppets Tonight, při které Rowlf krátce přerušil své mlčení díky hlasové pomoci Billa Barretty, který nyní od roku 2005 namlouvá švédského šéfkuchaře Mahnu Mahnu a doktora Zuba.
Podle FindAGrave.com byl Henson zpopelněn a jeho popel byl rozptýlen na jeho ranči u Santa Fe v Novém Mexiku.
Odkaz Jima Hensona se dnes nese v různých podobách. Sezamová dílna (dříve Dětská televizní dílna) vlastní všechny postavy ze Sezamové ulice a pokračuje v experimentech s jejím formátem. V roce 2001 však ztratili práva na Kermita, protože byl hlavně součástí Muppetů. Jak již bylo uvedeno, Walt Disney Company vlastní postavy Muppetů a nadále je používá v nových produkcích. Naštěstí samotná Jim Henson Company pod vedením Hensonových dětí Briana, Lisy, & Cheryl, Johna, & Heather pokračuje ve vydávání nového materiálu, včetně filmů Creature Shop a původního obsahu.
V roce 2011 byl Jim Henson posmrtně oceněn cenou Disney Legends na D23 Expo v roce 2011. Jeho nejstarší syn a dcera, Brian a Lisa, ji přijali jeho jménem.
Lidé: Gary • Mary • Dominic Badguy • Nadya • Jean Pierre Napoleon