Johnston začínal v roce 1977 jako konceptuální umělec a technik efektů pro první Star Wars film George Lucase. Pokračoval ve spolupráci s Lucasfilmem na dalších dvou Star Wars filmech, spolu s prvními dvěma filmy Indiana Jonese (získal Oscara za nejlepší vizuální efekty za práci na Dobyvatelích ztracené archy).
V roce 1989 Johnston udělal skok k režisérovi Disneyho filmem Honey, zmenšil jsem děti. Také režíroval Rocketeera a Touchstone Pictures film Hidalgo. Navíc režíroval další scény pro Louskáčka a Čtyři říše, protože Lasse Hallström nebyl k dispozici pro reshooty.