Terminologie stonku a korunky
Korunní skupina je živá monofyletická skupina neboli klad, který se skládá z posledního společného předka všech živých exemplářů plus všech jeho potomků. Název dal Willi Hennig, tvůrce fylogenetické systematiky, jako způsob klasifikace živých organismů vzhledem k vyhynulým organismům. Patří sem vyhynulí členové korunních skupin. Protože například Dodo, přestože vyhynul, je stále potomkem posledního společného předka všech živých ptáků, je přesto zahrnut do skupiny ptačích korun.
Některé organismy však na určité úrovni nespadají do korunní skupiny, a proto jejich zahrnutí vyžaduje zvláštní systematickou kategorii. Dobrým příkladem je Archaeopteryx, který je sice jasně ptačí, ale není potomkem posledního společného předka všech žijících ptáků, a je naopak bazálnější než kterýkoli z nich. Takové organismy lze označit za kmenovou skupinu kladu (tento termín zavedl paleontolog Dick Jefferies). V tomto příkladu je Archaeopteryx ptákem s kmenovou skupinou. Všechny organismy, které jsou více příbuzné ptákům s korunní skupinou než s jakoukoli jinou živou skupinou, jsou referovatelné ke kmenové skupině ptáků. Vzhledem k tomu, že živí ptáci jsou podle definice v korunní skupině, vyplývá z toho, že všichni členové kmenové skupiny kladu vyhynuli; a tudíž kmenové skupiny mají pouze fosilní členy.
Totéž platí pro Metriorhynchuse, mořského fosilního krokodýla. Je členem kmenové skupiny všech žijících krokodýlů, protože sdílí s nejnovějším společným předkem gharijců a aligátorů méně znaků než krokodýl mořský Crocodylus porosus nebo někteří geolokálně mladší fosilní krokodýli.
Skupiny stonků a korun jsou hierarchické; vyhynulý pták s korunou může tedy ležet v kmenové skupině podmnožiny ptáků, jako jsou například pěvci, a ptáci s kmenovou skupinou leží spolu s ptáky s korunou a krokodýly a několika vyhynulými skupinami v korunní skupině Archosaurie. Všechny vyhynulé organismy tedy leží v kmenové skupině nějaké živé korunní skupiny. Skupina koruny a její kmenová skupina posuzované společně jsou známé jako celková skupina (nebo pan-skupina). Ačkoliv je kmenová skupina parafyletická, lze ji objektivně definovat odečtením skupiny koruny od celkové skupiny.
Správné pořadí zkamenělin
Umístění zkamenělin v jejich správném pořadí do kmenové skupiny umožňuje stanovit pořadí těchto akvizic, a tím i ekologické a funkční nastavení vývoje hlavních rysů dané skupiny. Kmenové skupiny tak nabízejí cestu, jak integrovat unikátní paleontologické údaje do otázek vývoje živých organismů. Dále ukazují, že zkameněliny, které byly považovány za náležející do jejich vlastní samostatné skupiny, protože nevykazovaly všechny diagnostické rysy živého kladu, s ním přesto mohou souviset tím, že leží v jeho kmenové skupině. Takové zkameněliny měly zvláštní význam při posuzování původu tetrapodů, savců a zvířat, mimo jiné.
Pojem skupiny korun je tedy také užitečný, aby nedošlo k záměně v taxonomické nomenklatuře. To se týká zejména různého rozsahu kladů, které jsou pojmenovány shodně v systematické biologii a paleontologii. Například klad Aves v různé literatuře je definován (1) společným předkem pštrosa a vrabce (vlastní skupina korun) (2) společným předkem vrabce a Archaeopteryxe (3) jako sesterský klad krokodýlů a ve dvou případech jako klad definovaný apomorfními znaky, konkrétně (4) peřím a (5) schopností letu nebo odpovídajícími anatomickými znaky ve fosiliích. Pojem skupiny korun, respektive pan-grupy, poskytuje příležitost stanovit priority v definici a rozsahu vyšších taxonů.