Výpočetní fylogenetika je aplikace výpočetních algoritmů, metod a programů k fylogenetickým analýzám. Cílem je sestavit fylogenetický strom představující hypotézu o evolučních předcích souboru genů, druhů nebo jiných taxonů. Tyto techniky byly například použity k prozkoumání rodokmenu hominidních druhů a vztahů mezi specifickými geny sdílenými mnoha typy organismů. Tradiční fylogenetika se opírá o morfologické údaje získané měřením a kvantifikací fenotypových vlastností reprezentativních organismů, zatímco novější obor molekulární fylogenetiky používá jako základ pro klasifikaci nukleotidové sekvence kódující geny nebo sekvence aminokyselin kódující proteiny. Mnohé formy molekulární fylogenetiky jsou úzce spjaty s uspořádáním sekvencí při konstrukci a rafinaci fylogenetických stromů, které se používají ke klasifikaci evolučních vztahů mezi homologními geny zastoupenými v genomech rozdílných druhů. Je nepravděpodobné, že by fylogenetické stromy konstruované výpočetními metodami dokonale reprodukovaly evoluční strom, který představuje historické vztahy mezi analyzovanými druhy. Historický druhový strom se také může lišit od historického stromu jednotlivého homologního genu sdíleného těmito druhy.
Produkce fylogenetického stromu vyžaduje míru homologie mezi charakteristikami, které jsou společné srovnávaným taxonům. V morfologických studiích to vyžaduje explicitní rozhodnutí o tom, které fyzikální charakteristiky měřit a jak je používat ke kódování odlišných stavů odpovídajících vstupním taxonům. V molekulárních studiích je primárním problémem vytvoření vícenásobného sekvenčního vyrovnání (MSA) mezi sledovanými geny nebo sekvencemi aminokyselin. Postupné sekvenční metody produkují fylogenetický strom z nutnosti, protože do vypočítaného vyrovnání začleňují nové sekvence v pořadí podle genetické vzdálenosti. Ačkoli fylogenetický strom může být vždy sestaven z MSA, fylogenetické metody jako maximální parsimonie a maximální pravděpodobnost nevyžadují produkci počátečního nebo souběžného MSA.
Adaptace · Makroevoluce · Mikroevoluce · Speciace
Přirozený výběr · Genetický drift · Genetický tok · Mutace
Fenotypová plasticita · Kanalizace · Modularita
Ucho ·Oko ·Let ·Rostliny ·Houby ·Život ·Lidé ·Delfíni a velryby ·Původ a vývoj ptáků ·Koně ·Pavouci ·Sirény ·hmyz ·Měkkýši ·Dinosauři
Anageneze · Catagenesis · Cladogenesis
Historie evolučního myšlení · Charles Darwin · O původu druhů · Moderní evoluční syntéza · Geneticky zaměřený pohled na evoluci · Život (klasifikační stromy)
Ekologická genetika · Molekulární evoluce · Fylogenetika · Systematika · Seznam témat evoluční biologie · Časová osa evoluce