Srovnání: monophyly = žlutá, polyphyly = červená, paraphyly = aqua
V běžném kladistickém užívání je monofyletická skupina kladem, který se skládá z předka a všech jeho potomků. Termín je synonymem pro neobvyklý termín holofylie.
Nicméně přijetí této definice pojmu nějakou dobu trvalo. Když se v 60. letech 20. století stala kladistická myšlenková škola hlavním proudem, používalo se několik alternativních definic. Taxonomové skutečně nějakou dobu používali tento pojem, aniž by jej vůbec definovali, což vedlo k velkému zmatku v rané literatuře.
V nejširším měřítku se definice dělí do dvou skupin.
Tato neslučitelnost s linneanským modelem vedla k počáteční roztržce, ne zcela zhojené, mezi kladistickým a linneanským myšlenkovým proudem. Extrémní kladisté zpochybňovali platnost linneanských taxonů, jako je Reptilie. Protože ptáci, ačkoliv pocházejí z plazů, nejsou sami považováni za plazy, kladisté požadovali, aby byl taxon Reptilie rozebrán, což byla žádost, kterou taxonomové nebyli ochotni vyslyšet. Tento rozpor byl nakonec do jisté míry vyřešen konstrukcí pojmu „parafyletický“ pro popis úzce příbuzných skupin, které zahrnovaly většinu, ale ne všechny potomky společného předka.
Nicméně vytvoření tohoto termínu vedlo k ještě většímu zmatku. Někteří vědci považovali parafyletické skupiny za monofyletické (neboť sdílely společného předka), zatímco jiní trvali na tom, že monofyletické skupiny by se měly nadále vztahovat pouze k holofyletickým skupinám. Další termín, polyfyletický, nespadal do definice monofylie. Striktní vysvětlení parafyletické skupiny nebylo zveřejněno, ale zdá se, že panuje shoda v tom, že parafyletické skupiny se skládají z monofyletické skupiny, minus jeden menší základní klad – například „plazi minus ptáci“. Polyfyletické skupiny lze považovat za řadu nepříbuzných kladů, například „teplokrevná zvířata“ = „ptáci plus savci“. Non-holofyletické skupiny jsou málo užitečné pro analýzu evolučních procesů, proto se volají po jejich „odpojmenování“ – i když jsou užitečné pro vědce, kteří se méně zabývají evoluční minulostí skupin. Pojmenování je také problémem monofyletických skupin: protože počet předků, z nichž zakořenit monofyletické skupiny, je téměř nekonečný, je nemožné dát každému kladu jedinečné jméno – jak dokládají neúspěšné pokusy o podnícení systému zvaného Phylocode. Jména zamlžují opravdu zajímavou část, kterou je rozvětvený řád, a jsou proto málo užitečná pro kladistu – v rozporu s taxonomem, který od časů Linnaea pojmenovává druhy. Mezidruhové, a zejména fosilní taxony lze považovat za spadající „těsně mimo“ široce uznávaný taxon. Například Archaeopteryx se jeví více jako plaz než pták – má zuby a řadu dalších plazích charakteristik. Má ale také peří, které bylo tradičně považováno za ptačí rys. Postrádá řadu dalších znaků, které sdílejí všichni ptáci, takže nemůže spadat do ptačího kladu. Aby odrážel tuto fylogenetickou blízkost, je označován jako „pták kmenové skupiny“ – tj. leží na větvi blízké linii, která vedla k pravým ptákům, jak je rozpoznal taxonom. Tento koncept uzavírá propast mezi taxonomií a kladistikou v širším měřítku, ale je obtížné ho uplatnit na úrovni druhu.