Huxley, Archaeopteryx a raný výzkum
Vědecké zkoumání původu ptáků začalo krátce po roce 1859, kdy vyšla kniha Charlese Darwina Původ druhů, přelomová kniha, která popisovala jeho evoluční teorii přirozeným výběrem. V roce 1860 bylo v německém pozdně jurském solnhofenském vápenci objeveno zkamenělé peří. Christian Erich Hermann von Meyer popsal následující rok toto peří jako Archaeopteryx lithographica a Richard Owen popsal v roce 1863 téměř kompletní kostru, v níž poznal ptáka navzdory mnoha rysům připomínajícím plazy, včetně předních končetin s drápy a dlouhého kostnatého ocasu.
Biolog Thomas Henry Huxley, známý jako „Darwinův buldok“ pro svou zuřivou podporu nové evoluční teorie, se téměř okamžitě chopil Archaeopteryxu jako přechodné fosilie mezi ptáky a plazy. Od roku 1868 prováděl Huxley detailní srovnání Archaeopteryxu s různými prehistorickými plazy a zjistil, že je nejvíce podobný dinosaurům jako Hypsilophodon a Compsognathus. Další důkaz poskytl objev ikonického „berlínského exempláře“ Archaeopteryxe na konci 70. let 19. století, doplněného souborem plazích zubů. Huxley byl první, kdo navrhl evoluční vztah mezi ptáky a dinosaury, ačkoliv byl proti velmi vlivnému Owenovi, který zůstal zarytým kreacionistou. Huxleyho závěry byly přijaty mnoha biology, včetně barona Franze Nopcsy, zatímco jiní, zejména Harry Seeley, tvrdili, že podobnosti jsou způsobeny konvergentní evolucí.
Heilmann a thecodontova hypotéza
Heilmannova hypotetická ilustrace dvojice bojujících ‘Proaves’ z roku 1916
Zlom nastal počátkem dvacátého století se spisy Gerharda Heilmanna Dánského. Heilmann, povoláním umělec, měl odborný zájem o ptáky a od roku 1913 do roku 1916 publikoval výsledky svého výzkumu v několika částech, zabývajících se anatomií, embryologií, chováním, paleontologií a evolucí ptáků. Jeho práce, původně napsaná v dánštině jako Vor Nuvaerende Viden om Fuglenes Afstamning, byla sestavena, přeložena do angličtiny a publikována v roce 1926 jako Původ ptáků.
Heilmann podobně jako Huxley přirovnal Archaeopteryxe a další ptáky k vyčerpávajícímu seznamu prehistorických plazů a také došel k závěru, že teropodní dinosauři jako Compsognathus jsou si nejvíce podobní. Nicméně Heilmann poznamenal, že ptáci mají klíční kosti (klíční kosti) srostlé do kosti zvané furcula („vidlicová kost“), a i když byly klíční kosti známy u primitivnějších plazů, dosud nebyly u dinosaurů rozpoznány. Protože pevně věřil v Dollův zákon, který říká, že evoluce není vratná, nemohl Heilmann akceptovat, že klíční kosti se u dinosaurů ztratily a u ptáků se znovu vyvinuly. Proto byl nucen vyloučit dinosaury jako ptačí předky a připsat všechny jejich podobnosti konvergentní evoluci. Heilmann uvedl, že ptačí předkové budou místo toho nalezeni mezi primitivnější třídou plazů „thecodont“. Heilmannův mimořádně důkladný přístup zajistil, že se jeho kniha stala klasikou v oboru a její závěry o ptačím původu, stejně jako u většiny jiných témat, byly akceptovány téměř všemi evolučními biology po následující čtyři desetiletí.
Klavikuly jsou poměrně choulostivé kosti, a proto jim hrozí, že budou zničeny nebo alespoň poškozeny k nepoznání. Nicméně klavikuly byly nalezeny u teropodních dinosaurů ještě předtím, než Heilman napsal svou knihu, ale zůstaly nepoznané.
Absence klavikulí u dinosaurů se stala ortodoxním názorem navzdory objevu klavikulí u primitivního teropoda Segisaura v roce 1936. Další zpráva o klavikách u dinosaura byla v roce 1983, a to v ruském článku publikovaném před koncem studené války.
Na rozdíl od toho, co věřil Heilman, paleontologové dnes uznávají, že klíční kosti a ve většině případů furkuly jsou standardním znakem nejen teropodů, ale i saurischovských dinosaurů. Až do konce roku 2007 byly zkostnatělé furkuly (tj. vyrobené spíše z kostí než chrupavek) nalezeny téměř u všech typů teropodů kromě těch bazálních, Eoraptor a Herrerasaurus. Původní zpráva o furkule u primitivního teropoda Segisaurus (1936) byla potvrzena opětovným zkoumáním v roce 2005. Kloubové, furkulovité klíční kosti byly nalezeny také u Massospondyla, raně jurského sauropodomorfa.
Klavikuly a dokonce i plně vyvinuté furkuly byly od té doby identifikovány u mnoha jiných teropodů, kteří nebyli ptáky.
Od té doby byly furkuly hlášeny u celé řady teropodů, včetně Allosaura
Kdysi se věřilo, že dinosauři postrádají furkulu (srostlé levé a pravé klíční kosti neboli „wishbones“). To byl považován za zdrcující argument pro vyvrácení dinosauřích předků ptáků Heilmannem (1926). Nicméně od té doby bylo prokázáno, že četné druhy teropodů tetanurských skutečně mají furkulu, zřejmě tetanuranskou inovaci. Přítomnost furkuly dokonce i u Allosaura, relativně bazálního tetanurana, byla potvrzena, a mimo jiné i u teropoda raného jury a pozdních triasových koelofysid. Existují důkazy, že evoluce furkuly byla v plném proudu, když se nejranější dinosauři diverzifikovali; srostlé klavikuly podobné furkule jsou známy z Massospondylu, raného jurského sauropodomorfa.